親和層析是一種非常有效的蛋白質純化方法。其分離機制是基于蛋白質和某些特定分子具有特異性的相互作用。除了生物特異性配套外（如酶底物、抗體、受體等），一些俗稱為類生物配體（如凝集素、染料）的物質也用在親和層析中，而在固定化的金屬離子上進行的類親和層析在蛋白質和多肽的分離純化工作中越來越重要。親和層析的選擇性和效率極高。